Pärast Eesti ühinemist Euroopa Liiduga reguleerib siinset kalandust Euroopa Liidu ühine kalanduspoliitika (ÜKP), mis hõlmab kalavarude kasutamist ja kaitset, struktuuri- ja turukorralduspoliitikat ning kalandusalast välispoliitikat. Viimase alla kuuluvad ka kalandusalased kokkulepped riikidega, mis ei kuulu Euroopa Liitu, ning läbirääkimised rahvusvahelistes organisatsioonides.
Eestis jaguneb kalanduse korraldus kolme asutuse vahel – need asutused on Regionaal- ja Põllumajandusministeerium, Põllumajandus- ja Toiduamet ning Keskkonnaamet.
Regionaal- ja Põllumajandusministeeriumi valdkonnad on kalanduse turukorraldussüsteemi arendamine, struktuuritoetuste ja riigiabi andmine, vesiviljelussektori korraldamine, kutseline kalapüügi korraldamisega seotud poliitika kujundamine. Lisaks korraldab ministeerium kalavarude kaitse ja kasutamise poliitika ettevalmistamist ja elluviimist, sh kalavarude taastootmist ning kude- ja elupaikade kaitset ja taastamist.
Riiklike ning Euroopa Liidu kalanduse arengu toetuste andmist korraldab ministeeriumi valitsemisalas olev Põllumajanduse Registrite ja Informatsiooni Amet (PRIA).
Kutselise kalapüügi korraldusega (sh kutselise kalapüügi lubade väljastamine, kalalaevade riikliku registri haldamine ja püügiarvestus) tegeleb Põllumajandus- ja Toiduamet.
Harrastuspüügi kalastuskaardi väljastab ja harrastuspüügiandmeid kogub Keskkonnaamet. Lisaks teostab amet järelevalvet kalapüügi üle.
Strateegilised dokumendid
Euroopa Liidu kalanduspoliitikat rakendatakse aastatel 2021–2027 läbi Euroopa Merendus-, Kalandus- ja Vesiviljelusfondi (EMKVF). Fondi vahendite kasutamiseks koostab iga liikmesriik oma rakenduskava, mille aluseks on Euroopa Liidu ülesed ja riiklikud strateegiad.
